高中生侦探工藤新一被黑衣组织灌下毒药变小，化名柯南，一边追查组织，一边解决无数棘手案件。
传说中的“奇迹世代”第六人黑子哲也，与搭档火神大我一起，挑战曾经的队友。
来自异世界的近界民攻击城市，少年们通过特殊的“触发器”与敌人进行充满战术的攻防战。